1. Bakalaureusetööd

Selle kollektsiooni püsiv URIhttp://hdl.handle.net/10492/7079

Sirvi

Nüüd näidatakse 1 - 10 10

Haigusetekitajad harilikul kadakal (Juniperus communis L.) Saaremaal
(2014) Sepp, Aapo; Drenkhan, Rein; Adamson, Kalev
Uurimustöö on harilikul kadakal (Juniperus communis L.) esinevatest võimalikest haigusetekitajatest Saaremaal, s.o eelkõige seentest, seda nii teoreetiliste kui ka empiiriliste materjalide põhjal. Bakalaureusetöö peamised eesmärgid olid järgnevad: anda kirjanduse põhjal ülevaade harilikul kadakal olevatest seenhaigustest ja ilmastiku ekstreemsustest tingitud probleemidest ning analüüsida võimalikke haigusetekitajaid harilikul kadakal. Töö tarvis on kogutud erinevaid hariliku kadaka proove ning uuritud neid mikroskopeerimise, isoleerimise ning tehtud liigi määrangud DNA põhiselt. Proovid on korjatud Saaremaa erinevatest piirkondadest. Kadakate võradele anti ka tervislik hinnang visuaalselt. Labortööde tulemusena leiti Saaremaalt kogutud kadakate proovidelt neli erinevat haigusetekitajat: Heterobasidion annosum, Phomopsis sp., Myrothecium sp. ja Pestalotiopsis funerea. Visuaalne hinnang proovitükkidel andis tulemuseks, et keskmisel hinnatud kadakal on võra kahjustunud 26 – 50%. Vastust, küsimusele, kas hariliku kadaka kuivamist ja suremist põhjustab konkreetne seenhaigus selles uurimustöös ei leitud, sellest lähtuvalt tuleb kadaka suremise põhjuste uurimist kindlasti jätkata.
Invasiivsed seenpatogeenid männil ning nende levik
(2016) Reedi, Marta-Maria; Drenkhan, Rein; Adamson, Kalev
Diplodia sapinea, Dothistroma septosporum ja Lecanosticta acicola on invasiivsed seenpatogeenid, mis tuvastati Eestis selle sajandi alguses. Nende monitooring ja uurimine on oluline, sest pole teada, kuidas nad käituvad meie kliima tingimustes ja kas nad on harilikule männile sama ohtlikud kui eksoot-männi liikidele. Käesoleva töö eesmärgiks oli invasiivsete seenhaiguste seire ja levik Eestis, uute võimalike peremeestaimede otsing ning seenpatogeenide seire Tallinna Botaanikaaiaaias (TBA). D. sapinea ja D. septosporum’i seire jaoks koguti proove üle kogu Eesti ning ka Põhja-Lätist, kokku 57-lt proovialalt kokku 109 proovi. Proovid mikroskopeeriti, et tuvastada okastelt, võrsetelt, käbidelt haigustekitajad. Vajadusel proovid sekveneeriti haigusetekitaja täpseks tuvastamiseks. D. sapinea tuvastati kaheksalt proovialalt ja TBA’st. Eestis tervikuna leiti D. sapinea harilikult (Pinus sylvestris) ja mustalt männilt (P. nigra) ning TBA’s valgekooreliselt männilt (P. leucodermis). Eestit hõlmava seire tulemusena tuvastati punavöötaudi tekitajat D. septosporum 31-st proovialast ning peremeestaimedeks olid: harilik mänd, ühelt alalt kollane mänd (P. ponderosa) ja üks leid TBA’s siberi-seedermännilt (P. sibirica). Seire käigus tuvastati Diplodia sapinea esinemist võrreldes 2014. aastaga vähem, D. septosporum oli levinud jätkuvalt üle Eesti. Pruunvöötaudi tekitajat (Lecanosticta aciclola) käesolevas töös harilikult männilt ega eksootmänniliikidelt ei tuvastatud
Jalakasurma (Ophiostoma novo-ulmi) kahjustustest Eestis – Tallinna ja Tihemetsa näitel
(Eesti Maaülikool, 2015) Kapp, Kirsika; Jürisoo, Liina; Adamson, Kalev; Drenkhan, Rein; Metsandus
Jalakasurm on Euroopas jalaka (Ulmus spp.) liikidel laialt levinud seenhaigus, mida põhjustavad nii Ophiostoma ulmi (Buisman) Nannf. ning nüüd ka Ophiostoma novo-ulmi Brasier., millest viimane on invasiivne ja agressiivne seenpatogeen. Bakalaureusetöö eesmärgiks oli hinnata jalakate (Ulmus glabra), künnapuude (Ulmus laevis), põldjalakate (Ulmus minor) ning jalaka hübriidide tervislikku seisundit Tallinnas ja Tihemetsas ning jalakasurma levikut neis piirkondades. Proovialade valikul lähtuti Tallinnas Sulev Järve soovitustest ja Tihemetsas kirjandusandmetest leitud informatsioonist Tihemetsa parkide kohta. Puude tervisliku seisundi hindamisel lähtuti viiest haigusklassist, millest esimesse arvati täiesti terved puud ning viimasesse viiendasse surnud puud. Harilikest jalakatest kuulusid 49,3% esimesse, 28,2% teise, 4,2% kolmandasse, 8,5% neljandasse ning 9,9% viiendasse haigusklassi. Põldjalakatest kuulusid 50,0% esimesse ja 50,0% neljandasse haigusklassi. Kõik künnapuud ning hariliku jalaka kultivar `Camperdownii´ kuulusid esimesse haigusklassi. Jalaka hübriidid kuulusid kõik teise haigusklassi. Töös kasutati välitöödel kogutud andmeid ja proove, mida laboris analüüsiti – seene universaalsete ja liigispetsiifiliste DNA praimeritega. 48-lt võrselt tehti puhaskultuure. Kolme proovi sekveneerimisel tuvastati Ophiostoma novo-ulmi ja Phoma macrostoma. Seitset puhaskultuuri, mida kontrolliti liigispetsiifiliste praimeritega PCR analüüsil andis positiivse tulemuse üks proov (DNA ID 3637). Puidust eraldatud DNA-d kontrolliti 16 juhuslikul proovil liigispetsiifiliste praimeritega PCR analüüsil patogeeni olemasolu, positiivse tulemuse andis üks proov (ID 3334). Kokku analüüsiti 26 sümptomaatilist hariliku jalaka proovi ning nendest leiti kolm tüve jalakasurma tekitajat.
Kuuse- ja männipuitu asustavad ja kahjustavad seened
(Eesti Maaülikool, 2017) Veeväli, Viljar; Drenkhan, Rein; Adamson, Kalev; Metsakasvatus
Puidusinetus on puidutööstustele probleeme tekitav puidukahjustus, mille käigus puidu visuaalne välimus värvimuutusi tekitavate seente poolt saab kannatada. Majanduslikult on see puidutööstusele kulukas, sest sinetunud puidust saab vähem tulu. Antud bakalaureusetöö eesmärgiks on tuvastada puitu kahjustavaid sinetuse ja mädanikku tekitavaid seeneliike kuuse- ja männi puidul. Töö koostamiseks on välitööde käigus kogutud puiduproovid harvendus- ja lõppraie kändudelt ning laopuidult, mis laboratoorsetes tingimustes isoleeriti puhaskultuuri ning molekulaarsete analüüsidega määrati kindlaks seeneliigid. Kokku kogutud 244 proovist määrati erinev seeneliik 54 proovilt. Puidusinetust tekitavaid seeni isoleeriti 10 proovist ja kokku määrati viis erinevat liiki. Kahest proovist isoleeriti juurepess (Heterobasidion sp), ehk oluline puistute kahjustaja ja mädaniku tekitaja. Samuti õnnestus isoleerida 5 proovist looduslik juurepessu antagonist hiidkoorik (Phlebiopsis gigantea), mis on biopreparaadi väljatöötamise aluseks. Kogutud puiduproovide analüüsimisel isoleeriti ja tuvastati erinevaid seeneliike. Peamiselt olid määratud seeneliigid puidus valgemädaniku tekitajad, lisaks tuvastati pruunmädanikku ja hallitust tekitavaid seeni. Edasistes uurimustes saab keskenduda männi puitu kahjustavatele sinetusseente erinevatele liikidele, sest see puit on sinetusele vastuvõtlikum. Lisaks on hetkel uurimata laoplatsil ladustatud puidus eksisteerivate sinetust tekitavate seente liigiline koosseis.
Männi-pudetõve tekitaja (Lophodermium seditiosum) varajane diagnostika
(2015) Laas, Marili; Adamson, Kalev; Drenkhan, Rein
Männi-pudetõbi on patogeense kottseene tõve-pigihuul (Lophodermium seditiosum) tekitatud okkahaigus harilikul männil (Pinus sylvestris L.). Pika latentse perioodi ning hariliku männi okastel leiduvate pigihuule perekonna liikide (L. seditiosum, L. conigenum, L. pinastri) viljakehade ja puhaskultuuride morfoloogilise sarnasuse tõttu on keeruline tuvastada okaste nakatumist tõve-pigihuulega. Lõputöö eesmärkideks oli (1) testida tõve-pigihuule varajaseks tuvastamiseks disainitud liigispetsiifilisi PCR praimereid ja hinnata nende sobivust kasutamiseks labortöödel patogeeni kiireks ja usaldusväärseks tuvastamiseks, (2) testida L. conigenum’i ja L. pinastri’i liigispetsiifilisi DNA praimereid ja välja selgitada nende sobivus lähedaste liikide täpseks eristamiseks, (3) edasisteks uuringuteks isoleerida L. seditiosum puhaskultuuri 2013. aasta haiguspuhangust nakatunud okastest. 2013. aastal kahest männinoorendikust kokku 41 puult kogutud okkaproovidest isoleeriti puhaskultuuri seened, mis vastasid sihtmärkliikide tunnustele. Praimerite testimiseks eraldati valitud kultuuridest DNA, valmistati PCR segu, viidi läbi PCR reaktsioonid ja geelelektroforees tulemuste kontrollimiseks. Katsetati kahte L. seditiosum’i, ühte L. conigenum’i ja kahte L. pinastri tuvastamiseks disainitud praimerite paari. L. seditiosum’i praimeritega testiti ka okastest eraldatud DNA-d. Töö tulemustest selgus, et praimereid kasutades on võimalik tuvastada kiirelt ja täpselt patogeen tõve-pigihuul ning eristada seda lähedastest liikidest. Kõik kasutatud praimerid on kõrge spetsiifilisusega ehk nad amplifitseerivad ainult sihtmärkliigi DNA, kuid erinevused esinevad katsetatud DNA praimerite tundlikkuses. Edasisteks uuringuteks isoleeriti kokku 66 tõve-pigihuule puhaskultuuri. Kiire analüüsi teostamiseks on vajalik täpselt tuvastada okastest latentne L. seditiosum’i nakkus ning eristada omavahel erineva patogeensusega lähedasi liike. Antud töö tulemuste põhjal saab otsustada, millised praimereid kasutada laborites patogeeni tuvastamiseks. Tõve-pigihuule isolaate 2013. aasta epideemiast on võimalik kasutada edasistes uurimustöödes, et hinnata muutuseid liigi populatsioonides ja välja selgitada võimalikud muutused patogeeni virulentsuses erinevate puhangute vahel.
Männi-võrsevähi tekitaja Diplodia sapinea levikust Euroopas ja Kanadas
(Eesti Maaülikool, 2018) Kass, Eliise; Adamson, Kalev; Drenkhan, Rein; Metsakasvatus ja metsaökoloogia
Diplodia sapinea on laialt levinud patogeen, mis lisaks puidu sinetuse tekitamisele nakatab käbisid, võrseid, okkaid ja juuri. Käesoleva töö eesmärgiks oli isoleerida Itaaliast, Serbiast, Gruusiast ja Kanadast Diplodia spp. proovid, testida kahe liigispetsiifilise PCR praimeripaari töökindlust, tuvastada isoleeritud patogeenide liigid ning määrata D. sapinea paarumistüübid. Kokku õnnestus 133-lt Diplodia spp. nakkusega käbilt isoleerida 111 patogeeni puhaskultuuri. Töös kasutatud praimerite paarid DiSapiF ja DiSapiR ning BotR ja DpF praimerid määrasid kumbki ühe negatiivse proovi, mis tegelikult oli sihtpatogeen. Lisaks määras DiSapi praimeripaar positiivseks ühe D. scrobiculata tüve. Seejuures välistasid praimerid Botryosphaeria dothidea ja Massarina igniaria tüved. DiSapi praimeripaar võimaldas korrektselt määrata 98,20% ning BotR ja DpF parimeripaar 99,09% seenetüvedest. Lisaks selgus, et nii Kanadas, Serbias kui ka Gruusias jagunesid statistiliselt paarumistüübid võrdselt, vaid Itaalia isolaatide puhul oli enam levinud paarumistüüp MAT2. Töö kokkuvõttena selgus, et antud tulemuste põhjal on D. sapinea määramisel töökindlam BotR ja DpF praimeripaar.
Musta pässiku (Inonotus obliquus) eoste levik
(Eesti Maaülikool, 2022) Nael, Jan; Adamson, Kalev
Must pässik (Inonotus obliquus) on patogeenne seen kandseente hõimkonnast. Viimastel aastatel on erametsaomanikel tõusmas suur huvi kasvatada pässikut raviseenena kaasikutes. Bakalaureusetöö eesmärkideks oli dokumenteerida seene eoste levikut ning leida võimalikke seoseid eoste leviku ja ilmastiku vahel. Kahe kalendriaasta (26.11.2017–24.11.2019) jooksul eospüüdjaga Tartumaalt kogutud 1371 proovile tehti qPCR analüüs ning leiti musta pässiku DNA neljast proovist. Nendele neljale proovile eelnenud nädala ilmaandmed seoti tulemustega. Musta pässiku eosed esinesid juulis (24.07.2019) ja augustis (1.09.2018, 3.09.2018, 11.09.2018). Kõik musta pässiku eoseid sisaldanud proovid olid öistel perioodidel, suuremal õhutemperatuuril kui 10 °C ja suure suhtelise õhuniiskusega (>70%). Sellised uuringud on vajalikud, see avab ühe lehtpuude mädaniku tekitaja leviku potentsiaali.
Ohtlikud patogeenid importpuidus ja –taimedes
(2016) Luha, Eerik; Drenkhan, Rein; Adamson, Kalev
Töö uurib importpuidus ja –taimedes olevaid patogeene ning patogeenide tahtmatut introdutseerimist uuele alale või regiooni. Antud küsimust Eesti mastaabis ei ole varem uuritud ja väheseid töid leidub selle teema kohta ka teistes keeltes. Töö eesmärgiks on: 1) dokumenteerida patogeenide invasiooni imporditud puittaimede istikutega ning puidust pakkematerjaliga; 2) määrata tahtmatult introdutseeritavate patogeenide liigid, s.h ka EPPO A2 nimistu karantiinsed liigid; 3) dokumenteerida patogeenide päritolumaad. Analüüsiti 20 proovi imporditud puitpakenditelt, 93 importtaime proovi Hollandist, Saksamaalt, Rootsist ja Jaapanist. Uurimuses kasutati molekulaarseid praimereid Diplodia sapinea, Phytophthora spp., Lecanosticta acicola ja Dothistroma septosporum, kandseene hõimkonna ja seente tuvastamiseks üldiselt. Üks proov puidust õnnestus sekveneerida ja liik tuvastada. Kokku 113 analüüsitud proovist 97 proovi oli positiivsed seeneriigi taksonite suhtes, s.o 85 %. Analüüsitud proovidest tuvastati patogeen perekond ja liik 6 juhul, s.o 5%. Kolmel juhul määrati D. sapinea, ühel juhul D. septosporum, ühel juhul Phytophthora perekond ning ühest proovist kandseen Pachylepyrium carbonicola. Töö raames avastati maailmas esmakordselt serbia kuuselt (Picea omorika) D. septosporum.
Pruunvöötaudi tekitaja Lecanosticta acicola viljakehade ja eoste rohkus Eestis
(Eesti Maaülikool, 2021) Eenlo, Helene; Adamson, Kalev; Laas, Marili
Uued ja invasiivsed patogeenid Eestis vajavad üha rohkem tähelepanu, et mõista invasiivsete seenhaiguste kulgu ning seeläbi rakendada efektiivselt profülaktilisi tõrje meetmeid. Sellele tuginedes seati käesoleva bakalaureusetöö eesmärgiks uurida 2008. aastal Eestis avastatud pruunvöötaudi tekitaja Lecanosticta acicola eoste ja viljakehade leviku dünaamikat ja nende seoseid ilmastikuga. Käesoleva bakalaureusetöö andmed koguti Eesti Maaülikooli dendraariumis kasvava pruunvöötaudi nakatunud mägimänni (Pinus mugo) lähedusse paigutatud aktiivse eospüüdjaga (Bukard) perioodil 02.01.2018-03.01.2020 ning viljakehadega okkaproovid koguti vahemikus 18.10.2017-03.01.2020. Eoste arvukuse hindamiseks õhus kasutati liigispetsiifilist qPCR meetodit ning viljakehade prepareerimist. Eoste leviku modelleerimiseks kasutati ilmaandmeid Eesti Maaülikooli Tehnikamaja ning Tartu Ülikooli Füüsikainstituudi ilmajaamadest. Ilmandmete mõju hindamisel selgus, et viljakehades olevate eoste arvukusele osutus statistiliselt oluliseks kastepunkt (P<0,05). Õhutemperatuuri kasvades ja langedes oli näha selgeid paralleele eoste arvukusel viljakehades. Eoste hulk viljakehades oli kõige kõrgem juulis, augustis ja septembris. Kõige madalam eoste arv viljakehades oli märtsis, aprillis ja mais. Tulemustes täheldati, et eoseid leidus nii viljakehades kui õhus aastaringselt ka miinuskraadidel ning suurim eoste arvukus õhus oli juunikuus. Saadud tulemustest võib järeldada, et keskmisest soojemad suvekuud soodustavad viljakehades eoste tootlust, mistõttu võib ilmastiku muutudes eoste sporulatsiooni kestusaeg kuude lõikes varieeruda.
Turberaie katsealal männi uuendust kahjustavad metsahaigused ning invasiivsete haigustekitajate monitooring
(2014) Puidet, Britt; Adamson, Kalev; Drenkhan, Rein
Käesolev bakalaureusetöö valmis vajadusest uurida viimastel aastatel üha kiiremini levivate seenhaiguste mõju metsauuendusele ning teostada seiret kogu riigi metsades, et saada ülevaadet nende levikust. Töö jaoks koguti proove üle Eesti ning Põhja-Lätist, punavöötaudi eoste produktsiooni uuringuid viidi läbi Eesti Maaülikooli metsapatoloogia laboris. Töö eesmärkideks oli (1) seenhaiguste olemasolu ja kahjustuste ulatuse määramine turberaie katsealal Järvseljal kvartalis 276 eraldisel 8, (2) punavöötaudi tekitaja Dothistroma septosporum eoste sporulatsiooni uurimine kahel peremeestaimel Eesti Maaülikooli dendropargis, (3) üle-eestiline metsahaiguste seire teostamine ning uuendatud teabe analüüs. Eesmärkide saavutamiseks koguti nii sümptomaatilisi, kui ka asümptomaatilisi männiokkaid turberaie katsealalt Järvseljal, Eesti Maaülikooli dendropargist ning üle Eesti asetsevatest seirevõrgustiku püsivaatlusaladelt. Okastel hinnati erinevate metsahaiguste tekitajate viljakehade olemasolu ja eoste rohkust ning tehti DNA-analüüs, leidmaks latentses olekus metsahaigusi. Bakalaureusetöö tulemusena leiti punavöötaudi tekitaja (Dothistroma septosporum) sümptomaatilisi okkaid kõigist Eesti maakondadest ning selgus turberaie katseala metsauuenduse hea üldseisund. Eesti Maaülikooli dendropargist kogutud proovide analüüs kinnitab, et Dothistroma septosporum’i sporulatsioon toimub harilikul männil ja mägimännil sügisel. Töö käigus kogutud proovidest leiti eoseid seenpatogeenidelt Dothistroma septosporum, Diplodia sapinea, Cyclaneusma minus, Lophodermium spp., Fusarium spp., Gremeniella abietina, Camarosporium pini ja Trunkatella spp. Töö autor tegi Eesti Maaülikooli dendropargist seenpatogeeni Diplodia sapinea esmavaatluse mägimännil Eestis.

Sirvi

Sirvi 1. Bakalaureusetööd Autor "Adamson, Kalev" järgi

Tulemused lehekülje kohta

Sorteerimisvalikud